邪惡的電腦生命體－星雲灰(Nebula Gray)在「電腦世界」中開始行動。世界各地發生許多非物質化現象，「現實世界」因此不斷消滅。當星雲灰(Nebula Gray)進化成完全體時，「現實世界」和「電腦世界」將會逆轉。地球將會被消滅而轉變為巨大的電腦空間。
守護世界和平的網路救世主(Net Savior)－光熱斗，與他的搭檔網路領航員－洛克人一起前往破壞星雲灰(Nebula Gray)。但是最強的網路領航員佛魯迪……卻擋住他們的去路。此外，敵我不明的神秘網路領航員卡尼爾也出現。
為了阻止世界的消滅，洛克人史上最大的網路對戰，現在開始！！