故事发生在微米传说后的10年。宇宙大帝之战后的10年过去了，博派和狂派联手重建他们的母星赛伯顿。
柯博文和他的朋友们为了迎接新的挑战，进行了新的改造。随着地球和赛伯顿之间的科技交流，不少的地球人已经移居到了那颗本来只有机械存在的星球。而为了解决各自的能源问题，变形金刚也和联合国联合进行着超能源的开发。
但是宇宙大帝也并没有在10年前的战争后消逝，宇宙生物Alpha Q为了使宇宙大帝复活，派出了部下向地球进发，开始了搜寻能量体的计划。
为了防止地球被破坏，为了维护宇宙的和平，巨无霸柯柏文带领着护卫队向地球进发了。
围绕着能量体的战争即将开始。
关键词篇
1、能量体，变形金刚发现的新的能源形式。有固体和液体等多种存在形式。有利于解决人类和变形金刚的能源问题。但也是宇宙大帝复活的关键。
2、能量之星，整合派精炼的红色星型能量体。在变形金刚装备的时候，具有提高战斗力和防御力的功能。属于消耗品，会随战斗而耗尽。
3、能量原石，恐惧兽所制造的绿色不纯净能量体。随身携带，对非阿尔法军团的机器人具有伤害性。震荡波由于接触了能量原石产生了升级。现在确定格威隆可以装备能量原石，并且使用能量原士进行空间跳跃。
4、能量接口，能量博派战士身上用来装着能量之星的插口，也是接收融合火种的所在。
5、火种融合，普莱姆斯神赋予巨神柯博文的新能力。可以使其他变形金刚融合火种。
6、超连结合体，能够火种融合的变形金刚的合体方式。能够大幅度增强战斗威力。
7、太空桥，空间跳跃装置。
8、海底出动用通道 Loop Load
9、地球联邦政府，人类最高决策机关，阿莱克沙供职处。
10、神秘巨大彗星，卡洛斯在移动太空站诺梅德4号上发现的巨大彗星，本体就是Alpha Q所在处，据推测为宇宙大帝残骸。
11、麦加登之剑 Alpha Q使用宇宙大帝体内的麦加登的火种制造的破坏之剑，威力巨大，剑本身也是麦加登存活的证据。之后依靠着能量体和宇宙大帝的无穷威力，成为了更强大的武器。
12、克隆之剑 整合派利用信号火箭的扫描数据，使用能量体复制的麦加登之剑。这批量产的麦加登之剑成为了博派的新战力。
13、能量体粒子 特殊容器中注满的液体状能量体。用来医治受伤的激射，这种物质成功使激射的右臂再生。
14、核心激光枪 重伤的柯博文在接受了5个能量之星后，从胸口产生出的新武器。威力巨大至一击就将格威隆吹飞。这个武器被誉为总司令之证。
15、地球防卫能量塔计划 琼斯博士提出的通过在地球上的四座赛伯顿都市建造能量塔，从而依靠能量体建立一个防御地球外攻击的屏障。
16、移动基地，宇宙大帝的一部分，是一个移动的能量体储存站，也被狂派当作移动基地。再博派和狂派的混战中，被格威隆引爆。
17、移动要塞，格威隆使用自身和宇宙大帝残骸一体化制造的移动基地。
18、能量体利用冲击波 能量塔所发出的红色冲击波，似乎只有狂派会受到伤害。
19、8千年前的变形金刚 ，八千年前和狂派抗争的战士。之后传说他们和洛迪文一同环游宇宙去了。