退役自行车选手Gin先生、长相貌似男人但内心温柔又充满母性的阿花和离家出走少女美雪，他们三人过着无家可归的生活，一起居住在东京原宿的一个角落。圣诞夜，三人在垃圾堆中发现一个哭泣着的弃婴，在孩子的襁褓里，发现了一个酒吧的名片和照片，还有奶粉。阿花非常想要小孩子，收留了她并随便给小孩起了个名字，叫清子。从此，三人展开了清子的寻亲之旅。途中，他们与各式各样的过去相遇。他们会找到清子的父母吗......

关于导演：
　　这次金敏导演带给我们以无家可归为题材的故事，讲述的是被社会抛弃，一无所有的人们的生活态度。《东京教父》的主题就是：无家可归者的幸运。无家可归的三人收养了婴儿清子——是清子的幸运；阿花因为清子实现了自己做母亲的梦想——是阿花的幸运......作品向观众讲述着人间的温暖，幸福的真谛。
　　继《Perfect Blue》(1998),《千年女优》(2002)在世界各地好评如潮之后，金敏导演的第三部作品也倍受期待，它集结了超豪华的工作人员阵容——
　　剧本来自拥有代表作《白线流》的信本敬子；
　　音乐出自担当北野武的新电影《座头市》配乐工作的铃木庆一，
　　人物设计则由金敏和《千年女优》的动画监督小西贤一共同完成；
　　除此，《千与千寻》的动画监督安藤雅司，《狸猫大战》的动画监督大冢伸治也加入到了制作行列，可谓日本动画界代表人物的大集合。
　　剧中给大叔Gin配音的是著名实力派男演员江守辙，曾经在《少女杀手阿墨》中有不俗表现的岗本绫在片中首次挑战声优，为少女美雪配音。