太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说在很久以前，那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。到神海岛度假游玩的柯南一行人遇到了一群来寻找财宝的探险人。他们中间笼罩着一种非常诡异的气氛。不久，其中一人被鲨鱼袭击死亡，引出了一连串的杀人事件，为了探求真相，柯南和灰原一起展开了调查。