大约距今在5000多年前，大西洋上有一群热爱海洋世界和平者所群居之岛，阿特兰大陆，仅仅在一夜之间，就神秘地整个瓦解，消失无踪了。位于大西洋海底，曾经是飞龙族聚居的阿特兰大陆，飞龙族统治者把他们唯一的儿子交给白海豚露卡，带往渔村，交给陆地人抚养，阿钟经过了十三年之后，已经成为一位身具人类智慧跟勇气的少年。（开场白） 阿钟来了，阿钟来了，阿钟来到大西洋了！（水母又在水下敲礁石了！） 飞龙神剑，大放光芒！（阿钟语） 13年前，在日本的一个海边小村里有个渔夫，在海边悬崖下的洞中发现了一个婴儿，当他带出婴儿时见到了一只白色的海豚。13年后，婴儿成长为健壮的少年，而白色的海豚再次出现，随之而来的是巨大的海洋怪兽，为了不牵连村里的爷爷，为了查清自己的身世，少年阿钟穿上红披风，带着能发光的飞龙神剑随白海豚去找海龟梅顿。在梅顿那得到父母遗言的阿钟却迷茫了，不愿意放弃曾经作为陆地居民的身份，他甚至一度萌生放弃复仇重归出生地的念头。但是最后面对波顿族的追杀，梅顿的牺牲，他终于明白了自己没有选择的余地。在逐渐掌握战斗方式之后，他开始向故乡——大西洋进发。而一路上，他遇到的敌人和朋友，都和当年的两个种族之间有着密切的关系甚至是深刻的回忆……！