柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是《黑暗组织》的成员竟然同时也在大楼附近出现， 这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁 联络…… 而柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌──也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手─《黑色组织》展开一场史上最恐怖的攻防战…
美丽时光：小兰背着柯南从双塔大楼上跳下去时和少年侦探队一起死里逃生时都值得感动。
STAFF
企画：諏訪道彦
プロデューサー：諏訪道彦 吉岡昌仁
監督：こだま兼嗣
演出：佐藤真人
総作画監督：須藤昌明
脚本：古内一成
原案：青山剛昌
撮影監督：野村隆
音楽：大野克夫
音楽プロデューサー：堀尾裕樹
美術監督：渋谷幸弘
音響監督：小林克良
整音：大城久典
編集：岡田輝清
キャラクターデザイン：須藤昌明