为了参加下一场华丽大赛而来到Alamos镇的小智一行人，在街上遇到了一位名叫艾丽斯的女子。

在艾丽斯的带领下参观了作为小镇的标志的“时空之塔”和绿意昂然的美丽庭园，本应完全沉浸其中的小智他们在那里发现了庭园竟被某人搞得面目不堪。

之后到达那里的是这个城镇的贵族阿鲁贝男爵。“糟蹋庭园的家伙，一定是幻之神奇宝贝·达库莱伊”，阿鲁贝肯定地说。终于从不详的阴影深处，达库莱伊出现在了小智他们的面前。

未知的神奇宝贝·达库莱伊到底是谁？与此同时，迪亚路加和帕鲁基亚在时空的狭间进行着激烈的战斗。能量的对碰、被撕裂空間。然后，从裂缝中出现的，正是Alamos镇。